MGKit: Metagenomic framework
release/0.3.3
Introduction
Installation
Metagenomic Pipeline
Scripts Details
Example Notebooks
MGKit GFF Specifications
Library Reference
mgkit package
mgkit.align module
mgkit.consts module
mgkit.counts package
mgkit.counts.func module
mgkit.counts.glm module
mgkit.counts.scaling module
mgkit.db package
mgkit.db.dbm module
mgkit.db.mongo module
mgkit.filter package
mgkit.filter.common module
mgkit.filter.gff module
mgkit.filter.gff_old module
mgkit.filter.lists module
mgkit.filter.reads module
mgkit.filter.taxon module
mgkit.graphs module
mgkit.io package
mgkit.io.blast module
mgkit.io.fasta module
mgkit.io.fastq module
mgkit.io.gff module
mgkit.io.glimmer module
mgkit.io.snpdat module
mgkit.io.uniprot module
mgkit.io.utils module
mgkit.kegg module
mgkit.logger module
mgkit.mappings package
mgkit.mappings.cazy module
mgkit.mappings.eggnog module
mgkit.mappings.enzyme module
mgkit.mappings.go module
mgkit.mappings.pandas_map module
mgkit.mappings.taxon module
mgkit.mappings.utils module
mgkit.net package
mgkit.net.embl module
mgkit.net.pfam module
mgkit.net.uniprot module
mgkit.net.utils module
mgkit.plots package
mgkit.plots.abund module
mgkit.plots.boxplot module
mgkit.plots.colors module
mgkit.plots.heatmap module
mgkit.plots.unused module
mgkit.plots.utils module
mgkit.simple_cache module
mgkit.snps package
mgkit.snps.classes module
mgkit.snps.conv_func module
mgkit.snps.filter module
mgkit.snps.funcs module
mgkit.snps.mapper module
mgkit.taxon module
mgkit.utils package
mgkit.utils.common module
mgkit.utils.dictionary module
mgkit.utils.r_func module
mgkit.utils.sequence module
mgkit.utils.trans_tables module
mgkit.workflow package
mgkit.workflow.add_coverage module
mgkit.workflow.add_gff_info module
mgkit.workflow.assembly module
mgkit.workflow.blast2gff module
mgkit.workflow.download_data module
mgkit.workflow.download_profiles module
mgkit.workflow.extract_gff_info module
mgkit.workflow.fasta_utils module
mgkit.workflow.fastq_utils module
mgkit.workflow.filter_gff module
mgkit.workflow.hmmer2gff module
mgkit.workflow.json2gff module
mgkit.workflow.nuc2aa module
mgkit.workflow.sampling_utils module
mgkit.workflow.snp_parser module
mgkit.workflow.taxon_utils module
mgkit.workflow.utils module
mgkit
Changes
MGKit: Metagenomic framework
Docs
»
Library Reference
»
mgkit package
»
mgkit.workflow package
»
mgkit.workflow.snp_parser module
Edit on Bitbucket
mgkit.workflow.snp_parser module
ΒΆ
Read the Docs
v: release/0.3.3
Versions
latest
stable
0.3.2
release-0.3.3
Downloads
On Read the Docs
Project Home
Builds
Free document hosting provided by
Read the Docs
.