mgkit package

Subpackages

• mgkit.counts package
  • Submodules
    • mgkit.counts.func module
    • mgkit.counts.glm module
    • mgkit.counts.scaling module
  • Module contents
• mgkit.db package
  • Submodules
    • mgkit.db.dbm module
    • mgkit.db.mongo module
  • Module contents
• mgkit.filter package
  • Submodules
    • mgkit.filter.common module
    • mgkit.filter.gff module
    • mgkit.filter.lists module
    • mgkit.filter.reads module
    • mgkit.filter.taxon module
  • Module contents
• mgkit.io package
  • Submodules
    • mgkit.io.blast module
    • mgkit.io.fasta module
    • mgkit.io.fastq module
    • mgkit.io.gff module
    • mgkit.io.glimmer module
    • mgkit.io.snpdat module
    • mgkit.io.uniprot module
    • mgkit.io.utils module
  • Module contents
• mgkit.mappings package
  • Submodules
    • mgkit.mappings.cazy module
    • mgkit.mappings.eggnog module
    • mgkit.mappings.enzyme module
    • mgkit.mappings.go module
    • mgkit.mappings.pandas_map module
    • mgkit.mappings.taxon module
    • mgkit.mappings.utils module
  • Module contents
• mgkit.net package
  • Submodules
    • mgkit.net.embl module
    • mgkit.net.pfam module
    • mgkit.net.uniprot module
    • mgkit.net.utils module
  • Module contents
• mgkit.plots package
  • Submodules
    • mgkit.plots.abund module
    • mgkit.plots.boxplot module
    • mgkit.plots.colors module
    • mgkit.plots.heatmap module
    • mgkit.plots.unused module
    • mgkit.plots.utils module
  • Module contents
• mgkit.snps package
  • Submodules
    • mgkit.snps.classes module
    • mgkit.snps.conv_func module
    • mgkit.snps.filter module
    • mgkit.snps.funcs module
    • mgkit.snps.mapper module
  • Module contents
• mgkit.utils package
  • Submodules
    • mgkit.utils.common module
    • mgkit.utils.dictionary module
    • mgkit.utils.sequence module
    • mgkit.utils.trans_tables module
  • Module contents
• mgkit.workflow package
  • Submodules
    • mgkit.workflow.add_gff_info module
      • Uniprot Command
      • Coverage Command
      • Adding Coverage from samtools depth
      • Uniprot Offline Mappings
      • Kegg Information
      • Expected Aminoacidic Changes
      • Adding Count Data
      • Adding Taxonomy from a Table
      • Adding information from Pfam
      • Changes
    • mgkit.workflow.blast2gff module
      • Uniprot
      • BlastDB
      • Changes
    • mgkit.workflow.extract_gff_info module
      • sequence command
      • dbm command
      • mongodb command
      • gtf command
      • split command
      • cov command
      • Changes
    • mgkit.workflow.fasta_utils module
      • split command
      • translate command
      • uid command
      • Changes
    • mgkit.workflow.fastq_utils module
      • Commands
      • Changes
    • mgkit.workflow.filter_gff module
      • Value Filtering
      • Overlap Filtering
      • Per Sequence Values
      • Coverage Filtering
      • Changes
    • mgkit.workflow.hmmer2gff module
      • Changes
    • mgkit.workflow.json2gff module
      • mongodb command
    • mgkit.workflow.sampling_utils module
      • Resampling Utilities
        • sample command
        • sample_stream command
        • sync command
        • rand_seq command
        • Changes
    • mgkit.workflow.snp_parser module
      • Changes
    • mgkit.workflow.taxon_utils module
      • Last Common Ancestor (lca and lca_line)
        • Krona Output
      • Filter by Taxon
      • Convert Taxa Tables to HDF5
      • Extract taxonomy
      • Changes
    • mgkit.workflow.utils module
  • Module contents

Submodules

• mgkit.align module
• mgkit.consts module
• mgkit.graphs module
• mgkit.kegg module
• mgkit.logger module
• mgkit.simple_cache module
• mgkit.taxon module

Module contents

Metagenomics Framework

mgkit.DEBUG = False

Debug switch for a few functions

exception mgkit.DependencyError(package)

Bases: Exception

Raised if an optional requirement is needed

mgkit.check_version(version)

mgkit.cite(file_handle=<_io.TextIOWrapper name='<stderr>' mode='w' encoding='UTF-8'>)

Print citation to the specified stream