Python Module Index

m
 
m
mgkit
    mgkit.align
    mgkit.consts
    mgkit.counts
    mgkit.counts.func
    mgkit.counts.scaling
    mgkit.db
    mgkit.filter
    mgkit.filter.common
    mgkit.filter.gff
    mgkit.filter.gff_old
    mgkit.filter.lists
    mgkit.filter.reads
    mgkit.filter.taxon
    mgkit.graphs
    mgkit.io
    mgkit.io.blast
    mgkit.io.fasta
    mgkit.io.fastq
    mgkit.io.gff
    mgkit.io.glimmer
    mgkit.io.snpdat
    mgkit.io.uniprot
    mgkit.io.utils
    mgkit.kegg
    mgkit.logger
    mgkit.mappings
    mgkit.mappings.cazy
    mgkit.mappings.eggnog
    mgkit.mappings.enzyme
    mgkit.mappings.go
    mgkit.mappings.pandas_map
    mgkit.mappings.taxon
    mgkit.mappings.utils
    mgkit.net
    mgkit.net.embl
    mgkit.net.pfam
    mgkit.net.uniprot
    mgkit.net.utils
    mgkit.plots
    mgkit.plots.abund
    mgkit.plots.boxplot
    mgkit.plots.colors
    mgkit.plots.heatmap
    mgkit.plots.unused
    mgkit.plots.utils
    mgkit.simple_cache
    mgkit.snps
    mgkit.snps.classes
    mgkit.snps.conv_func
    mgkit.snps.filter
    mgkit.snps.funcs
    mgkit.snps.mapper
    mgkit.taxon
    mgkit.utils
    mgkit.utils.common
    mgkit.utils.dictionary
    mgkit.utils.sequence
    mgkit.utils.trans_tables
    mgkit.workflow
    mgkit.workflow.add_coverage
    mgkit.workflow.add_gff_info
    mgkit.workflow.assembly
    mgkit.workflow.blast2gff
    mgkit.workflow.download_data
    mgkit.workflow.download_profiles
    mgkit.workflow.fasta_utils
    mgkit.workflow.filter_gff
    mgkit.workflow.hmmer2gff
    mgkit.workflow.json2gff
    mgkit.workflow.nuc2aa
    mgkit.workflow.sampling_utils
    mgkit.workflow.taxon_utils
    mgkit.workflow.utils